Проведение экономического анализа хозяйственной деятельности бюджетных и научных учреждений возможно при условии применении научного метода познания и соответствующих ему методов исследования. Они обеспечивают всестороннее и глубокое изучение фактов и явлений хозяйственной деятельности учреждений, правильное их понимание и позволяют делать объективные выводы о результатах деятельности, принимать обоснованные и оптимальные решения по совершенствованию организации работы учреждений и повышению ее эффективности. Метод экономического анализа, т. е общий подход к изучению его предмета – хозяйственной деятельности учреждений, характеризует способ, порядок или путь ее исследования в виде общих правил. Он опирается на диалектический и исторический материализм, являясь всеобщим методом познания, учит рассматривать хозяйственные явления и процессы в их взаимосвязи и взаимообусловленности, в изменении и развитии, в единстве п борьбе противоположностей.
